中国有机产品认证属于产品认证的范畴，根据《中华人民共和国认证认可条例》、《有机产品认证管理办法》（国家质量监督检验检疫总局2004年第67号令）和中国合格评定国家认可委员会相关认可准则CNAS—CC23：2006《〈产品认证机构通用要求〉有机产品认证的应用指南》的要求以及国际通行做法，有机认证程序一般都包括认证申请和受理（包括合同评审）、文件审核、现场检查（包括必要的采样分析）、编写检查报告、认证决定、证书发放和证后监督等主要流程。
申请者书面提出申请认证时，根据《有机产品认证实施规则》的规定，应向有机认证机构提交下列材料：① 申请者的合法经营资质文件，如营业执照、土地使用证、租赁合同等；② 申请者及有机生产、加工的基本情况，如申请者名称、地址和联系方式，生产、加工规模，包括品种、面积、产量、加工量等描述；③ 产地（基地）区域范围，包括地理位置图、地块分布图、地块图；④ 申请认证的有机产品生产、加工、销售计划；⑤ 产地（基地）、加工场所有关环境质量的证明材料；⑥ 有关专业技术和管理人员的资质证明材料；⑦ 保证执行有机产品标准的声明；⑧ 有机生产、加工的质量管理体系文件；⑨ 其他相关材料。
    按照国家质检总局《有机产品认证管理办法》、国家认监委《有机产品认证实施规则》等法律法规和GB/T19630《有机产品国家标准》，企业要想将自己的产品作为有机产品销售，必须通过有机认证。从事有机产品认证的机构必须获得中国国家认证认可监督管理委员会（简称国家认监委，英文缩写CNCA）的批准。国家认监委（CNCA）网站上对获批的认证机构给予公布。只有获得CNCA批准并与公布的认证机构才是合法的可从事认证活动的机构。可以在CNCA网站查询其批准的认证机构目录，具体办法为CNCA网站——综合服务专区——机构查询——认证机构名录——选择有机产品（共分植物、畜禽、水产和加工四类）。
    公众还可以通过在CNCA网站的"食品农产品查询"服务区查询全国食品农产品认证企业名录及其认证产品等信息。
    按照农业部绿色食品、无公害农产品、有机食品认证工作"三位一体、整体推进"的战略部署，有机食品认证程序及有机食品标志已正式启用。